viernes, 17 de octubre de 2008

La aleatorización de Ensayos genéticos forestales

En las últimas décadas se comenzaron a utilizar los diseños experimentales de un árbol por parcela con el objetivo de convertir a los ensayos de pruebas de progenies en áreas productoras de semillas, luego del raleo genético de las familias de menor rendimiento. De este modo las plantas de distintas familias quedan distribuidas aleatoriamente en la superficie del ensayo, sin embargo, esto no impide que existan plantas que deban eliminarse porque están demasiado cercanas a otras de su misma familia, con lo cual aumenta las probabilidades de que se produzcan semillas con altos niveles de consanguinidad. Por esto es que se hace necesario generar algoritmos de aleatorización que excluyan de la vecindad de un individuo a plantas de la misma familia.

Como los inconvenientes más comunes en el establecimiento de Ensayos Genéticos Forestales se vinculan con:
  • necesidad de superficies relativamente grandes de terreno: cada planta necesita espacios grandes para desarrollarse (2-25 m*m) y a su vez se requieren de más de 10 réplicas por cada material a ensayar.
  • los algoritmos aleatorizadores trabajan con matrices, por lo que se pueden aprovechar sólo sectores rectangulares cuyas dimensiones cumplan con la restricción filas*columnas=réplicas*factores.
También se hace necesario generar algoritmos que permitan usar terrenos no rectangulares y que tengan discontinuidades como lagunas, arroyos, etc.
Todos estos requerimientos fueron posibles de satisfacer mediante el R y librerías como spatstat[*] que corren bajo el mismo.
El paquete aleat.espacial, aunque aún en etapa de documentación y desarrollo, es capaz de calcular grillas óptimas (cuadradas,rectangulares o triangulares) de distribución de plantas a partir de un polígono, identificar los individuos que corresponden a borduras (simples, dobles, etc) y distribuir las réplicas de las distintas familias de modo que los individuos de las mismas familias queden lo más alejados posibles unos de otros manteniendo una distribución aleatoria, incluso en las borduras.


[*]@Article{spatstat,
Author = {Adrian Baddeley and Rolf Turner},
Title = {Spatstat: an {R} package for analyzing spatial point
patterns},
Journal = {Journal of Statistical Software},
Pages = {1--42},
Number = {6},
Note = {{ISSN} 1548-7660},
Volume = {12},
url = {www.jstatsoft.org},
year = 2005
}

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